En su testamento Carlos V había hecho una anotación un tanto curiosa con respecto a su hijo recién reconocido, su ilusión por que «de su libre y espontánea voluntad tomase hábito en alguna religión de frayles reformados» quizás como recóndita conciencia de culpa pero resuelta de una extraña manera: que fuera su vástago quien purgara los pecados del padre, o sea, los suyos. Pero bien pronto pudo verse que Don Juan de Austria no tenía ninguna intención de hacerlo. Cumplía con su deberes como católico pero no le atraía en lo más mínimo ni el misticismo ni los hábitos sino que cada vez le apasionaba mas todo lo que tuviera que ver con estrategia, la guerra y la gestas militares y caballerescas. 

A pesar del impacto que lógicamente tuvo que sentir con la increíble noticia de quien era, no tardó en asumir y adaptarse a la nueva situación. Hacerse a lo bueno resulta indudablemente más fácil y mucho mas llevadero que a acostumbrarse a lo malo. Felipe, además, se volcó en detalles con él, al igual que hizo la Reina, que incluso le confirieron el honor de llevar en brazos el día de su bautismo a su hija Isabel Clara Eugenia. 

Su real hermano determinó que debía comenzar la educación que tenía procurarse a un príncipe, pues tal condición tenía y decidió enviarlo a estudiar a Alcalá de Henares con su propio hijo primogénito y por tanto heredero del trono, el Príncipe Carlos, que ya empezaba a dar síntomas de su extravío, pensando que la influencia de Juan, su tío, aunque de edad un poco mas joven, podría serle beneficiosa dada la vida que hasta entonces había tenido. Acompañados ambos de otro Príncipe de la estirpe, Alejandro Farnesio, otro sobrino del recién incorporado a la familia, hijo de Margarita de Parma, hija ilegitima de Carlos V, como él, y de Octavio Farnesio y por tanto nieto por un lado de un Emperador y por el otro de un Papa, con quien hizo inmejorables migas desde un principio y que luego tanto habrían de compartir después. 

El aprendizaje y primeras armas del joven PríncipeFue aquel un tiempo dichoso, solo enturbiado por las locuras del Príncipe Carlos cada vez mas intensas sobre todo a partir de su accidente en las escaleras del recinto universitario. Aunque él también hizo algunas a su lado o por su cuenta, como cuando, para demostrar su ardor y cualidad de sangre real escapó de la Corte y cabalgó hasta Zaragoza con ánimo de llegar a Barcelona para unirse a la flota y las tropas, a pesar de la prohibición de su hermano, que iban en socorro de Malta asediada por los turcos. No pudo llegar a tiempo pues ya había partido pero no cejó en el empeño y tramó el cruzar por el sur de Francia hasta llegar a Italia y alcanzar allí la flota que mandaba el virrey García de Toledo. Solo una carta enviada por su hermano el Rey Felipe consiguió disuadirle de su intento. Aún sin el, la operación de rescate tuvo éxito, los turcos derrotados y Malta salvada de los otomanos.

De por aquellos años, al cumplir los 20, es cuando hay noticia de sus primeros amoríos. Los tuvo con una Mendoza, María de nombre y prima de la Princesa de Éboli, todavía casada con el secretario real de Felipe II, Rui Gómez de Silva, con quien entabló amistad al igual que la tenía con la mujer de su hermano, la hermosa Reina Isabel de Valois. Con María de Mendoza engendró una hija, que siguiendo los pasos que su padre había dado con respecto a él y entregó al cuidado de doña Magdalena de Ulloa. 

Muerte del príncipe Carlos

El buen juicio le fue entrando poco a poco y dio sobradas pruebas de él cuando el Príncipe Carlos, que le profesó, en sus momentos de cordura, un gran afecto que fue mutuo pues Don Juan intentó protegerlo siempre, sobre todo de sí mismo, le propuso que le apoyara en su intento de fuga a Flandes. El Heredero utilizando tal amistad de ya muchos años, confió a Don Juan de Austria en Madrid sus planes de huir de España y llegar a los Países Bajos desde Italia, pidiéndole ayuda para ello y prometiéndole el Reino de Nápoles a cambio. Se trataba, aunque delirante, de una traición en toda regla pues su intención no era otra que proclamarse rey, derrocando a su padre. 

Su tío, pues Don Juan lo era, le respondió que le daría en breve su respuesta y a uña de caballo salió para El Escorial, donde estaba su hermano, a contárselo. El Rey regresó prestamente a Madrid, el 17 de enero de 1568, y siendo domingo el día siguiente la Familia Real al completo acudió a misa. Tras ella Don Carlos llamó a Don Juan de Austria a sus habitaciones, urgiéndole una respuesta. Ante sus evasivas entendió que se negaba y sospechó, además, que lo había delatado por lo que echando mano a su espada lo atacó intentando matarle. Don Juan, aun desarmado consiguió defenderse de sus embestidas hasta que, alertada la servidumbre, se logro reducirlo. 

Aquella fue la gota que colmó el vaso de la paciencia de Felipe II, pues los arrebatos de violencia, atacando a cuchilladas a los sirvientes y los ataques y convulsiones eran cada vez más frecuentes y optó por ponerle bajo arresto y encerrarle. Aquello apenó enormemente a Don Juan que se sentía en parte responsable y se vistió de luto por ello hasta que el Rey le ordenó quitárselo. La prisión del Príncipe Carlos no duraría mucho, pero no porque fuera liberado, sino porque su salud empeoró cada vez más y, antes de que concluyera, murió.

Tras el incidente del intento de fuga a Flandes del Heredero, el Rey Felipe convencido de las aptitudes de su hermano comenzó a buscarle las oportunidades para que pudiera aprender y demostrarlas. La primera que se presentó fue con la dimisión del Virrey de Sicilia, García de Toledo, de su cargo y del añadido de capitán general del mar que el Monarca aprovechó para nombrar a Don Juan como su sustituto en este segundo cometido.

Consciente de que de mar y de galeras no tenía muchos conocimientos le puso al lado como segundo a Luis de Requesens y Zúñiga, vicealmirante de la Armada, el Almirante en Jefe era nada menos que el invencible Álvaro de Bazán, curtido en muchas batallas y combates navales. Durante tres meses navegaron por el Mediterráneo, persiguiendo corsarios y aprendiendo el joven Austria todo cuanto del mar podía enseñarle el avezado marino. Fue en una escala en el puerto de Barcelona cuando se enteró de la gravedad del estado de la joven Reina Isabel, cuyo ultimo embarazo iba a tener consecuencias fatales. Partió raudo hacia Madrid y aún pudo verla viva y estar presente en los últimos días de su truncada vida y cuya muerte sumió en la postración al Rey, a él mismo, a la Corte entera y al Reino. 

Las Alpujarras se sublevan

Fue aquel invierno, en vísperas de Navidad, cuando llegó la noticia a Madrid del levantamiento de Fernando de Córdoba y Valor, un caballero de los 24 de Granada, o sea miembro de su cabildo municipal, un morisco que se decía descendiente de los Omeyas de Córdoba, que se había proclamado y sido elegido como rey de los sublevados, en el  valle de Lecrín, con el nombre de Aben Humeya. En febrero del año siguiente la rebelión se había extendido por todas las Alpujarras y los rebeldes superaban ya los 150.000, con 40.000 de ellos con capacidad de combate. 

La mecha que había prendido la revuelta había sido un decreto de 1 de enero de 1567 que obligaba a los moriscos concentrados en la zona de las Alpujarras a renunciar a sus costumbres, lengua, vestido y prácticas religiosas. La rebelión tras avanzar larvádamente se hizo ya abierta a mediados del año siguiente y estalló con toda virulencia con la proclamación de Aben Humeya en 1569 cuando el numero de pueblos de la Alpujarra y valles adyacentes que se había sumado a ella superaba los 200.

El Capitán General y Virrey de Granada, por herencia desde los tiempos del Gran Tendilla, era un Mendoza y marqués de Mondéjar como él, los había combatido y obtenido algunos éxitos pero la interferencia del marqués de los Vélez en la parte oriental trajo como consecuencia no mayor presión sobre los sublevados, sino ruptura de la unidad de mando y con ello fracasos y avances de los rebeldes.

Harto de las peleas entre ambos nobles, Felipe II pensó que había llegado la hora de encomendar tal misión a su hermano otorgándole el mando y poner a todos bajo él mismo. Un puesto que, además, había solicitado. Quedó por encima pero no sin problemas pues para el Consejo formado al efecto entraron amén del marqués de Mondéjar otros notables cuyas relaciones personales distaban de ser buenas entre ellos. Sin embargo, algo le alivió y gratificó mucho, pues también se incorporó a ese Consejo su propio preceptor, por él tan querido, Luis de Quijada.

Felipe II no deseaba que su joven hermano participara directamente en la guerra y los combates y de hecho le prohibió salir de Granada. Don Juan acató sus ordenes pero quienes no atendieron a las suyas fueron los que supuestamente lo estaban. De tal forma que en el mes de junio el marqués de los Vélez se negó a acudir en socorro de la plaza de Serón y esta cayó en manos de Aben Humeya.

El Ejército a su mando tampoco era dechado de las virtudes militares y en nada se parecía a los temibles Tercios, ya que si en algo eran punteros era en indisciplina y propensión al saqueo y al pillaje antes que a la batalla. De hecho pudo comprobarlo y sufrirlo cuando ya se decidió a tomar parte activa y presencial en los combates como fue la operación de reconquista de Serón. Pareció lograrse sin demasiado coste pero las tropas cayeron en la trampa mora, se lanzaron al saqueo y el contraataque los pilló por sorpresa y salieron huyendo de mala manera. En el desastre lo peor fue que quien resultó herido y mortalmente de un balazo en la cabeza quien mas estimaba, su tutor de cuando niño, Luis de Quijada. 

Pero fue en medio de la desventura cuando emergió el genio militar y las cualidades de liderazgo del joven Austria. Con tesón y contundencia logró ir conjuntando a sus hombres y convirtiéndolos en verdaderos soldados y, con respecto a sus nobles subordinados, consiguió su respeto con decisiones estratégicas que se demostraron eficaces, como fue el sitio de Galera, plaza rebelde ante la que el marqués de los Vélez llevaba mucho tiempo empantanado. Don Juan comprendió de inmediato la necesidad perentoria de utilizar la artillería gruesa y no lanzar asalto alguno hasta que esta hubiera hecho su trabajo y abierto grandes brechas. Igualmente hizo cuando ya definitivamente consiguió asaltar Serón y después ya Tíjola, Purchena, Padules. 

La guerra contra el turco

La rebelión iba siendo vencida y un hecho vino a acelerar su descomposición. La arbitrariedad y tiranía de Abén Humeya, junto con su carácter despótico y receloso, aparte de perder apoyos le llevó a perder la vida pues la noche del 20 de octubre de 1569 fue asesinado en su palacio de Laujar de Andarax por su propio cuñado Diego Alguacil y Diego Rojas a quien el caudillo morisco le había mancillado a su mujer. 

Su sucesor, El Habaquí, negoció la paz con Juan de Austria y en otoño de aquel año una ultima campaña doblegó las ultimas resistencias. El joven Austria se inclinaba por no excederse en el castigo a los rebeldes vencidos y pactar alguna formula que permitiera que continuaran en el territorio pero ahí se topó con su hermano. El Rey Felipe consideraba que ello tan solo supondría al cabo de no mucho tiempo una nueva revuelta y tenía ya tomada la decisión de proceder a a la expulsión de los moriscos de todo el reino de Granada. Algo que llevó a efecto mediante decreto en febrero de 1571. 

Don Juan de Austria acató la orden y procedió a cumplirla. El Rey se mostró muy satisfecho del desempeño de su hermano menor y de la decisión y capacidad demostrada en toda la campaña pero el joven Austria no podía sacudirse la pena al contemplar el panorama de desolación y dolor que dejaba como prueban sus cartas que tachaban aquellos exilios forzosos de familias enteras, mujeres y niños, como la mayor «miseria humana».

Sin embargo, Felipe II estaba exultante por la capacidad y dotes de mando y estrategia demostrada por su hermano y entendió que era llegado el momento de ponerle al frente de la misión más trascendental que venía intentando hacia años llevar a la practica: derrotar y acabar de una vez por todas con la flota otomana que sembraba el miedo por todo el Mediterráneo. Juan de Austria, su propio hermano ¿quien si no? sería quien dirigiera, la guerra contra el turco.